「ＶＦＯ」動作は周波数や各種設定、などの操作を行うことができる。
ＶＦＯ−ＡからＶＦＯ−Ｅの５つのＶＦＯがある。各ＶＦＯは次のように使用目的が分けられている。
ＶＦＯ−Ａ： ＶＦＯ−Ａ、Ｂ間のマニュアルサーチ
ＶＦＯ−Ｂ：
ＶＦＯ−Ｃ：
ＶＦＯ−Ｄ： サーチからの周波数が入る
ＶＦＯ−Ｅ： メモリｃｈからの周波数が入る（スキャン時）
｢VFO｣キーを押すと｢A｣､｢B｣､｢C｣､｢D｣､｢E｣と切り替わる。
(1)数字キーによる入力
(2)ダイアルをによる回すことによっても受信周波数を変えられる。
各ＶＦＯに登録されている周波数ステップで受信周波数が上下する。
(3)サブ・ダイアルを回すことによっても受信周波数を変えられる。
サブ・ダイアルは別のステップ周波数にできる。
サブ・ダイアルの設定は次の１１種類の中から選べる。
（各ＶＦＯごとやメモリｃｈごとに別々に設定可能）
ＭＡＩＮ（メインダイアルと同じステップ）
×１０（メインダイアルの１０倍のステップ）
0.1kHz、0.5kHz、1.0kHz、5.0kHz、10.0kHz、50.0kHz、100.0kHz、500.0kHz、1000.0kHz
(1)サーチ周波数から移す。
サーチ中で受信信号が停止している時に、サーチ周波数から移す。
(2)スキャン周波数から移す。
メモリｃｈ読み出し時に、またはスキャン中で受信信号で停止時に、周波数を移す。
(3)ＶＦＯを他のＶＦＯにコピーする。
ＶＦＯ間でも周波数やＶＦＯ個別設定内容のコピーができる。
(1)オート・モード
「数字」キーで受信周波数を入力すると設定されているステップと関係なしに入力された周波数を受信可能。但し、ダイアル等の操作を行うと設定されているステップにより周波数の末尾が強制的に変わる。
(2)マニュアル・モード
「数字」キーで行うと0.001kHz〜999.999kHzまでのステップを任意に設定できる。
サブ・ダイアルを回して選べる設定は、
1Hz、10Hz、50Hz、100Hz、500Hz、1kHz、5kHz、6.25kHz、9kHz、10kHz、12.5kHz、20kHz、25kHz、30kHz、50kHz、100kHz、500kHzとなっている。
オート・モードとマニュアル・モードが設定できる。
今までのワイドＦＭやナローＦＭはAR5000ではすべてＦＭに統一されている。ＩＦ帯域幅の設定やオーディオ特性の設定により、きめ細かにＦＭを選別できる形式をとっている。
オート・モードでは自動的に設定される。
内部に組み込まれているＩＦ（中間周波数）フィルターの帯域幅は受信モードと関係なく選ぶことができるが、ＩＦ帯域幅は受信モードと密接な関係がある。適切なＩＦ帯域幅を選ばないと混信したり、音が割れたりする。
ＩＦ帯域幅を変更するとオート・モードがはずれ、ステップ、モード等を別途手動設定する必要がある。
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| ＦＭ | 220kHz | ＦＭ放送 |
| ＦＭ | 110kHz | テレビの音声 |
| ＦＭ | 110kHzまたは30kHz | 放送用中継、ワイヤレス・マイクなど |
| ＦＭ | 15kHz | 一般業務無線、アマチュア無線、無線電話（ＵＨＦ・ＶＨＦではほとんどこのモード） |
| ＦＭ | 6kHz | 一部の電話など。最近だんだん増えている。 |
| ＡＭ | 6kHzまたは15kHz | 中波放送、Ｖ・ＵＨＦエアーバンド |
| ＡＭ | 6kHz | 短波放送 |
| ＵＳＢ | 3kHz | アマチュア無線、ＨＦエアーバンド、短波通信 |
| ＬＳＢ | 3kHz | アマチュア無線 |
| ＣＷ | 3kHz、0.5kHz | 船舶通信、アマチュア無線 |
ＶＦＯ、ＶＦＯサーチのスケルチ動作を便利にするための操作。
下記の設定は「ＶＦＯ−Ａ」から「ＶＦＯ−Ｅ」のすべてに対して共通に動作する。
(1)ディレー時間
受信信号がレベル・スケルチ、ボイス・スケルチなどの設定を行った項目が設定値以下に信号がなってからミュート（消音）するまでの時間を設定する。
レベル・スケルチ、ボイス・スケルチの両方とも設定した場合には、どちらか一方でも設定値以下になった場合に作動する。
受信信号がなくなった場合（通常透ける値を閉じた場合）にはこの設定時間は関係なしに、すぐにミュートする。
ディレー時間の設定範囲は、ＯＦＦ、0.1秒〜9.9秒。
(2)レベル・スケルチ
受信信号が設定値より強い場合に受信する機能。
信号の強さが設定値より弱くなると音声がミュートされる。
設定値は、ＯＦＦ、1〜255。
(3)ボイス（オーディオ）・スケルチ
音声などの変調音がない無変調信号をミュートする機能。
音声の大きさが設定値よりも弱くなるとミュートする。
常時電波が出ていて通信を受信する場合などに便利。
音声の検出レベルを選べるこの検出レベル設定には音声などの変調信号がある信号を受信しながら設定を行う。
(AF.GAIN（音声ボリューム」の位置には影響されない）
設定値は、ＯＦＦ、1〜255。
受信音質の調整を行う。自動的に設定されるが手動による設定もできる。
オーディオ特性は受信モードとＩＦ帯域幅により設定される。
手動でモードやＩＦ帯域幅を変えても（オート・モードが外れても）自動設定される。またオーディオ特性を手動で設定することもできるので。音質を自由に変更することができる。
オーディオ特性を変更するとオート・モードがはずれ、ステップ、モード等が設定する前の状態になる。
オーディオ特性は次の５つがある。
(1)ローパス・フィルタ
ローパス・フィルタ（ハイカット・フィルタ）はどの周波数まで音を出すのかを設定する。
ローパス・フィルタ（高音をどの周波数から切るか）のカットオフ周波数は、3.0k、4.0k、6.0k、12.0kの４種類がある。
(2)ハイパス・フィルタ
ハイパス・フィルタ（ローカット・フィルタ）はどの低域周波数から出すかの設定をする。
ハイパス・フィルタ（低音をどの周波数から切るか）のカットオフ周波数は、50Hz、200Hz、300Hz、400Hzの４種類がある。
(3)ディエンファシス
ディエンファシスはＦＭモード時のみ必要となる。
ディエンファシスはＦＭ特有の回路で、ＦＭを受信した場合に高い周波数の音で雑音が多くなる傾向があり、これを補正するための回路。
ＦＭの送信機側で高音を強調して出し（プリエンファシスという）、受信側では逆に高音を減衰して再生することにより高音域の雑音を少なくしている。
(4)ＣＷピッチ
電信を受信する場合の音程を合わせる。
ＣＷピッチはＣＷ(電信）受信時、音のピッチ（音程＝周波数）をここで指定した周波数に合わせると受信周波数表示と送信されている周波数が一致する。
(5)音声入力選択
外部にデコーダーを接続した場合に使用する。
オーディオ（音声）信号の入力を選ぶ。ＩＮＴ（内部）とＥＸＴ（外部）の２種類がある。
プログラムなしで簡単に行うことができるサーチ機能。
(1)「ＶＦＯ−Ａ」、「ＶＦＯ−Ｂ」の場合。Ａ、Ｂ−ＶＦＯ間の周波数を検索する。
(2)「ＶＦＯ−Ｃ」、「ＶＦＯ−Ｄ」、「ＶＦＯ−Ｅ」の場合
ＶＦＯの周波数から受信可能な上限周波数(2600MHz）から下限周波数(5kHz）までのすべての周波数間を検索する。上限または下限周波数まできたら検索方向を反転する。
モード、ステップ、開始周波数は始めに表示されているＶＦＯの受信モード、ステップ等で始まる。